就像在前面所討論的一樣，植物為了延續生命、適應環境以及抵抗外來的侵害，必須發展出一套特有的生存方式。更由於植物它無法像動物一般的移動，於是在植物體內就必需合成出一些特別的化學物質，來幫助植物的生存競爭。
如同大家所知道的，控制生命的基本訊息存在於細胞內的DNA，而且是每個生命體都不相同。在DNA片段上的基因經過表達之後，就形成各種不同的蛋白質，而能夠做些特別的生化反應的蛋白質，我們一般稱呼它為或酵素。在植物中，就有大量的酵素，就是專門用來生產這些二次代謝的化合物。
以丹參(丹蔘)為例，它喜好溫暖潮濕的氣候而且排水良好的環境。而在這種環境中，又存在特別多的昆蟲幼蟲（如蚜蟲），但是卻又必需吸引這些昆蟲的成蟲（如蝴蝶、蜜 蜂等），來替它授粉以便傳宗接代，於是乎便得長出高高的花莖以及成串紫藍色的花序來吸引它們。
另外像是興建高樓一樣，為了固定這些花莖，它就必須向下紮根，並且每一串花序都需要一個以上的直根來支撐它。於是在這樣的生長策略下，它需要大量製造植物荷爾蒙，如：
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激勃素（Gibberebllin）（二類化學物質）–來刺激地上莖的伸長
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生長激素（Auxin）（氨酸類化學物質）–來刺激地下的根部伸長
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花青素（anthocyanins）（酚酸類化合物）–來製造花果顏色
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大量的膠質物（polyprenol）（如多類化學物質）–負責黏著幼蟲，
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當然還有很多抗菌素（phytoalexin）及抗蟲素（如大多的酚酸類化合物）來抵禦蟲菌傷害。
經過了約60年的研究分析，科學家在丹參(丹蔘)中分離出大概有2大主要類別的植物二次代謝化合物。第一類為稱作二萜類（diterpenoids）物質，另一類則為酚酸類（phenolic acid）物質。