傳統開腹手術
當病患有腹腔沾粘面積大、沾粘狀況嚴重、或是巧克力囊腫大於5cm時，醫生則會建議透過傳統的開腹手術，方便清除病灶及大範圍的沾粘。
至於子宮內膜異位症，在診療與手術，多會使用腹腔鏡方式來進行，其中在診療，在初次看診，仍會以醫生觸診以及超音波併行，而之後會因病情需要，再透過腹腔鏡來檢查並清除散布的內膜組織以及囊腫，而腹腔鏡手術的優點不外乎是傷口小、流血少、降低骨盆腔沾粘的問題，缺點則是復發機率高，若是囊腫過大就不適合。
因此當子宮內膜異位症日趨嚴重時，患者就可能必須考慮透過傳統開腹手術來摘除病灶，不過傳統開腹手術多半需要一個禮拜以上的恢復期，也必須住院，因此衍生的費用也更高，但往往讓病患舉步不前的，多半是來自於對於開腹手術的恐懼，以及術後疤痕，可能會因為患者懷孕後的色素沉澱，變得更加明顯。
由於開腹手術傷口大，因此出血量也較腹腔鏡手術來得多，不過也因為較能清楚確認病灶，並加以全部摘除整個子宮，所以比較不會有復發的疑慮。只是傳統開腹手術恢復期長，往往會造成患者術前有極高的心理壓力，術後除了須面對傷口的疼痛之外，還可能併發胸悶，身體虛弱等副作用，其中讓不少婦女最為卻步的後遺症，當然就是喪失生育能力。若是造成骨盆腔沾粘，患者可能會因此引發下腹疼痛，而膀胱、尿道失去了子宮的支撐，某些患者可能會因此產生尿失禁的狀況。
優點
透過開腹手術，較容易判定沾粘狀況，一併清除各處的沾粘。
缺點
恢復期長，大約是一個禮拜，手術後患者的不適感與疼痛感較為強烈，有些患者術後甚至會有胸悶、呼吸不順、發燒、腹脹等副作用，腹部有明顯的傷疤，術後須穿束腹帶。若是割除過多的卵巢組織，就會傷及卵巢功能，造成受孕困難或是不孕。