簡單的說主要因為腸胃道在長期慢性缺氧狀態下，所造成的酸鹼不平衡所產生的酸蝕現象。
胃是我們取得食物後最重要的溶解攪拌機，所謂的溶解就是利用胃壁皺褶深處的胃酸腺體細胞，大量的分泌氫離子到細胞外形成鹽酸，再將絕大多數的食物溶解成小單位以利吸收。然而在胃壁皺褶表面的大多數細胞則是扮演著攪拌機的腳色，因此一定得要耐磨及防強酸腐蝕，因此這些黏膜細胞則是分泌著一層厚厚的鹼性黏膜，這層黏膜的鹼性物質主要是透過血液中的重碳酸和其他物質所構成。在正常情況下胃液中的酸度和黏膜上的鹼度剛好中和，形成一個酸鹼平衡的狀態。
前面曾經討論過在有氧代謝時，除了能量之外還會產生二氧化碳，這個二氧化碳一旦離開細胞後便和水結合成重碳酸而進入血液，而後再到肺泡中交換成二氧化碳散到大氣中。可是當身體處於慢性缺氧狀態時，無氧呼吸代謝就發生在大多數的細胞中，反而使得血液中的重碳酸濃度減少而氫離子的濃度增加。這對於胃黏膜細胞所分泌的黏膜中之鹼度漸漸變弱，反而相對的使得胃酸腺體細胞的酸度原料大幅提高，在這樣的一消一長之下，黏膜當然很快的破損。
雖然造成胃潰瘍的主要因子是幽門螺旋桿菌的侵襲以及非類固醇類的消炎止痛藥物所造成的，但是研究發現，對一個有氧健康的身體而言，由於細胞中的重碳酸濃度持續在一個水平之上時，即使幽門桿菌已經入侵寄生，也不至於會發生黏膜破損的情況，反而因此使細菌無法生存而被消滅。相反的也只有在慢性缺氧的身體環境下，它們才能活下來並潛藏在潰瘍的環境中。